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首先明确两个事情！
第一、现在我们有两个平台可以做发票的用途确认（勾选、退税等）
一个就是增值税发票综合服务平台，如图：
一个就是电子税务局的税务数字账户，如下图：
电子发票服务平台税务数字账户自动归集发票数据，供试点纳税人进行发票查询、查验、下载、打印和用途确认，并提供税收政策查询、开具金额总额度调整申请、发票风险提示等功能。
你是用哪个平台？是看你们省是否已经开始试行了，比如四川省，自2022年10月28日起，纳税人应通过电子发票服务平台税务数字账户使用发票用途确认、风险提示、信息下载等功能，不再通过增值税发票综合服务平台使用上述功能，（灰名单的除外）。
第二、现在可以抵扣的农产品相关的抵扣凭证种类有哪些？
根据咱们现在开票发票平台不同，二哥给大家看看下面这张图，你就清楚了。
因为开具平台不同，所以大家看着种类划分也复杂了一些（但是后面慢慢都会转移到电子发票服务平台开具，到时候种类就少了，这只是时间问题）。
传统的就是我们增值税发票管理新系统开的专票和普通发票，农产品税率9%，小规模纳税人开3%（2023年可以开1%，但是1%目前口径是无法按9%抵扣，所以我们抵扣凭证这里不讨论它了，链接：新政下小规模开的1%农产品专票能不能按9%抵扣？）
农业生产者自产农产品开具的销售发票和收购发票也是抵扣凭证，农业生产者自产农产品是免税的，开的普通发票。
如图：
农产品销售发票（代开的）
农产品收购发票
小规模纳税人开的3%的专票
而未来我们会切换到电子发票服务平台开具发票（目前多省市已经开始），在这个平台开的农产品的发票就又不一样了。
如下图：
9%或3%全电发票（增值税专用发票）
农产品销售发票
农产品收购发票
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那么弄清楚了勾选平台，也弄清楚了农产品抵扣凭证的种类后，二哥就可以给大家展示一下，到底产品抵扣方式大变化是变化在哪里了？
传统情况下，我们目前大部分人还在使用增值税发票综合服务平台勾选抵扣的，不管是取得增值税管理新系统开的农产品发票，还是取得全电发票，抵扣的方式较以前都是没有变化的。
如图所示：
具体举例如下：
1、取得9%的增值税专用发票（包括9%的全电专票）
税税念公司是增值税一般纳税人， 2022年10月1日从水果经销商（一般纳税人）处购买水果，取得了一张9%的增值税专用发票，注明金额5000元，税额450元。
如果税税念公司也是经销商，购进水果用于直接销售，那直接按照发票票面税额抵扣进项税即可，专票做勾选抵扣处理。
勾选后申报表填写附表二第2、35栏。
如图：
税税念公司购进的水果是用于生产水果罐头（13%的税率），且分别核算，那么在可以按10%计算抵扣。
纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。加计扣除农产品进项税额=当期生产领用农产品已按9%税率（扣除率）抵扣税额÷9%×（10%-9%）
所以，可以加计抵扣税额为
450/9%*(10%-9%)=50。
加计抵扣的部分需要填写在附表二的8a栏次，该栏不填写份数金额。
2、取得3%的增值税专用发票（包括3%的全电专票）
从小规模纳税人手里购买农产品，取得其开具的3%的专用发票，需计算抵扣进项税。
目前从小规模纳税人手里购买农产品，取得其代开的3%专用发票，分开核算下，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额（低率高抵）。如果用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
如果是从小规模纳税人购买，它销售农产品给您代开了征收率为3%的专票含税价103块，即，金额为103÷（1+3%）=100元，税额为100×3%=3元。
您取得这张专票以后，不是按照票面注明的税额3元抵扣，而是按照票面金额100元乘以9%计算抵扣，即税额为9元。
计算出税额后，我直接把税额9填入《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第6栏农产品收购发票或者销售发票栏.
借：成本 94
借：应交税费-应交增值税（进项税额） 9
贷：银行存款 103
纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。加计扣除农产品进项税额=当期生产领用农产品已按9%税率（扣除率）抵扣税额÷9%×（10%-9%）
所以，可以加计抵扣税额为
9/9%*(10%-9%)=1。
3、取得免税农产品收购发票或者免税农产品销售发票
a、农产品收购发票
该发票是指收购单位向农业生产者个人(不包括从事农产品收购的个体经营者)收购自产免税农业产品时，由付款方向收款方开具的发票。
收购企业从农产品生产者个人手中收购其自产农产品，由于生产者自身无法开具发票，而由收购企业自己给自己开的一种发票。
农产品收购发票是计算抵扣，在增值税发票综合服务平台下，不是认证或者勾选抵扣。
取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额
买价×9%就是进项税额
当然，纳税人购进用于生产销售或委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
其中，于生产领用当期按10%与9%之间的差额计算当期可加计扣除的农产品进项税额，加计扣除农产品进项税额=当期生产领用农产品已按9%税率（扣除率）抵扣税额÷9%×（10%-9%）。
申报时候填入《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第6栏农产品收购发票或者销售发票栏。
加计扣除部分需要填入《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第8a栏加计扣除农产品进项税额税额栏，如下图。
税税念公司 2022年6月1日向农业生产者收购树木，支付现金10000元并开具了一张农产品收购发票，购进的树木于6月份全部领用生产加工税率为13%的产品且分开核算清楚。
根据现行增值税政策规定，纳税人购进农产品，在购入当期，应遵从农产品抵扣的一般规定，按照9%计算抵扣进项税额。
如果购进农产品用于生产或者委托加工13%税率货物，则在生产领用当期，再加计抵扣1个百分点。
申报属期是6月份的申报表时，按买价*9%计算的可抵扣进项税额：10000*9%=900（元），将填写增值税纳税申报表附表二第6栏。
同时，加计抵扣10000*1%=100（元），填写增值税纳税申报表附表二第8a栏。
如下图：
b、农产品销售发票
农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票。跟上面收购不同的是，这类农业生产者是单位性质，可以自行开具发票或者代开，所以无需再由收购者代开。
进项税额的计算抵扣跟收购发票相同，不再赘述。
4、海关进口缴款书
海关进口增值税专用缴款书是一种增值税扣税凭证，增值税扣税凭证，是指纳税人购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或者不动产时取得或开具的记载所支付或者负担的增值税额，并据此从销项税额中抵扣进项税额的凭证。
一般纳税人进口农产品，取得海关缴款书，按照缴款书上的税额进行勾选抵扣。符合加计的可以加计抵扣。
缴款书的抵扣勾选和专票一样，不再详细说明。
03#
关键的来了，如果你是使用的电子发票服务平台，那么你的抵扣方式就会出现大变化。
具体我们也用一个图对比看看更清楚。
大家看看，基本上在税务数字账户下，抵扣方式都有大的变化。
总结一下，就是税务数字账户下，农产品抵扣凭证其实都是需要勾选了，包括加计扣除部分也是需要勾选。
区别就是，有些你要先在待处理农产品模块进行判断一下（比如3%的专票），有些凭证比如代开的发票你还需要先录入相关信息再勾选。
总之最后的结果都是需要勾选！这就是最大的变化。
下面我们根本开具平台不同，详细再给大家分享一下，下次遇到可以直接比照学习。
电子服务平台开具的:
（1）普票加了农产品收购或是农产品销售标签的，抵扣勾选按票面*9%抵扣，抵扣后如为农产品深加工企业会进到农产品加计扣除勾选功能；
点击【抵扣勾选】-【发票】进入。录入开票日期起、开票日期止、是否处理三个必录查询条件后，点击【查询】按钮，根据实际情况进行选择类型，如下图所示。点击【提交】按钮，完成操作。
（2）全电开具的农产品专票（3%），开具时增加农产品标识，对于有农产品标识的专票，需要看里面税率是否是3%，如是3%，进待处理农产品模块，由纳税人选择是按3%还是9%抵扣，对于选择9%抵扣，需要与农产品商品编码匹配判断农产品和非农产品部分，抵扣税额=农产品部分金额*9%+非农产品部分票面税额，对于农产品深加工企业，选择3%抵扣的不进农产品加计扣除勾选，选择9%抵扣的农产品部分进农产品加计扣除勾选。
进入【待处理农产品发票】-【从小规模处购进的3%农产品专票】模块功能处理后，再到【抵扣勾选】模块对发票进行勾选。
点击【待处理农产品发票】-【从小规模处购进的3%农产品专票】会提示何种情况下可以使用该功能，如下图所示。
关闭提示信息，录入开票日期起、开票日期止、是否处理三个必录查询条件后，点击【查询】按钮，根据实际情况进行选择类型，如下图所示。
点击【提交】按钮，完成操作，提示信息如下图所示。
经过上述操作这些发票就可以进入【抵扣勾选】-【发票】模块进行勾选啦。
（3）全电开具的专票（9%），开具时增加农产品标识，对于有农产品标识的专票，需要看里面税率是否是9%，如是9%，对于购方为农产品深加工企业，抵扣勾选后，农产品部分需要带到农产品加计扣除勾选，可加计扣除额为农产品部分金额*1%。
税控开具的：
（1）普票按现有的逻辑，收购普票有加标识，按标识进入抵扣勾选，票面金额*9%。
销售普票无标识，按原逻辑进入到待处理由纳税人选择。如为农产品深加工企业，且选择为票面金额*9%抵扣的，可以进入到农产品加计扣除勾选。
（2）税控开具的农产品专票（3%），不存在农产品标签，需要看里面税率是否是3%，如是3%，需要与农产品商品编码匹配，如是农产品（或含农产品），进待处理农产品模块，由纳税人选择是按3%还是9%抵扣，对于选择9%抵扣且为部分农产品的发票，抵扣税额=农产品部分金额*9%+非农产品部分票面税额，对于农产品深加工企业，选择3%抵扣的不进农产品加计扣除勾选，选择9%抵扣的农产品部分进农产品加计扣除勾选。
（3）税控开具的专票（9%），对于购方为农产品深加工企业，收到的发票开具日期在农产品深加工企业归类有效期限内的，税率为9%的，需要与农产品商品编码匹配是否为农产品发票（或含农产品的发票），抵扣勾选的抵扣税额就按票面税额计算，抵扣勾选后，农产品部分需要带到农产品加计扣除勾选，可加计扣除额为农产品部分金额*1%。
特殊情形1：税务机关代开开具的农产品发票
需先到【抵扣勾选】-【代开农产品发票录入】（如下图）进行补录后，再到【待处理农产品发票】功能处理后进行勾选，如下图所示。
特殊情形2：加计抵扣的也需要勾选
操作流程：功能菜单依次选择【税务数字账户】－【发票勾选确认】－【抵扣类勾选】－【抵扣勾选】-【农产品加计扣除勾选】
当农产品类的发票完成抵扣勾选后，根据需要进行农产品加计扣除勾选。
勾选状态选择未勾选，根据需要输入或选择相关查询条件，然后点击【查询】按钮，则在勾选操作区显示符合查询条件的发票。如下图所示。
选择是否用于增值税加计扣除，并填写本次加计扣除税额，如下图所示。
点击【提交勾选】按钮，根据提示信息核对数据，如下图所示。如无误，点击【确认】按钮，提示提交成功即完成操作。
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